马尔堡大学(Philipps University of Marburg)由16个系(或称学院)组成，分别为法律系、工商管理与经济系、社会科学与哲学系、心理学系、新教神学系、历史与文化研究系、德语研究与艺术史系、外国语言与文化系、数学与计算机科学系、物理系、化学系、药学系、生物系、地理系、医学系、教育系。
在2015年QS的30个专业排名上，马尔堡大学共有两个专业进入世界前200名，分别是：药学和哲学，分别位居世界第51-100、151-200位。
马尔堡大学的专业设置及其评分：
| 专业名称 | 专业英文名 | 对应阶段 | 评分 |
| 地理 | Geography | 本科 | 4 |
| 药学 | Pharmacy | 本科 | 3.7 |
| 生物学 | Biology | 本科 | 3.5 |
| 心理学 | Psychology | 本科 | 3.5 |
| 临床心理学 | Clinical Psychology | 本科 | 3.5 |
| 职业与组织心理学 | Occupational and Organisational Psychology | 本科 | 3.5 |
| 教育心理学 | Educational Psychology | 本科 | 3.5 |
| 德语语言与文学 | German Language and Literature | 本科 | 3 |
| 牙医 | Dentistry | 本科 | 2.7 |
| 教育科学 | Education Science | 本科 | 2.5 |
| 化学 | Chemistry | 本科 | 2.2 |
| 人类医学 | Human Medicine | 本科 | 2.1 |
| 工商管理 | Business Administration | 本科 | 2 |
| 经济学 | Economics | 本科 | 2 |
| 计算机科学 | Computer science | 本科 | 1.9 |
| 物理 | Physics | 本科 | 1.5 |
| 浪漫语研究 | Romance Studies | 本科 | 1.2 |
| 英美研究 | English/North American Studies | 本科 | 1 |
| 历史 | History | 本科 | 1 |
| 法学 | Law | 本科 | 1 |
| 媒体科学 | Media Science | 本科 | 1 |
| 数学 | Mathematics | 本科 | 0.7 |
| 政治学 | Political Science | 本科 |
