明斯特大学(Westfälische Wilhelms-Universität Münster，英文：University of Münster，缩写WMU)共设有8个学院，分别是：新教神学院，天主神学院，法学院，经济学院(即明斯特经济与商学院)，健康科学学院(含医学和牙医)，哲学学院(含教育与社会科学系、传播学系、心理与运动科学系、历史与哲学系、哲学系)，自然科学与数学学院(数学与计算机科学系、物理系、化学与药学系、生物系、地球科学系)，音乐学院。
明斯特大学共有两个学术机构(或项目)被列入德国精英项目计划，分别是：运动与细胞交叉学科中心(Cells in Motion Interfaculty Cente)、近现代宗教与政治文化研究项目(Religion and Politics in Pre-Modern and Modern Cultures)。
明斯特大学部分课程是以英语授课，包括：地理信息学(geoinformatics)、地理空间技术(geospatial technologies)、和信息系统(information systems)三个专业。
在2015年QS排名的30个专业中，明斯特大学共有10个专业进入世界前200强，分别是：化学、哲学、法学、历史、材料科学、生物医学、医学、心理学、药学、语言学，其中化学与哲学专业进入世界前100名。
明斯特大学的专业设置及其评分：
| 专业名称 | 专业英文名 | 对应阶段 | 评分 |
| 人类医学 | Human Medicine | 本科 | 4.5 |
| 地球科学 | Geoscience | 本科 | 4 |
| 法学 | Law | 本科 | 4 |
| 商业计算 | Business Computing | 本科 | 4 |
| 心理学 | Psychology | 本科 | 3.5 |
| 临床心理学 | Clinical Psychology | 本科 | 3.5 |
| 职业与组织心理学 | Occupational and Organisational Psychology | 本科 | 3.5 |
| 教育心理学 | Educational Psychology | 本科 | 3.5 |
| 生物学 | Biology | 本科 | 3 |
| 经济学 | Economics | 本科 | 3 |
| 地理 | Geography | 本科 | 3 |
| 数学 | Mathematics | 本科 | 3 |
| 物理 | Physics | 本科 | 2.9 |
| 工商管理 | Business Administration | 本科 | 2.7 |
| 化学 | Chemistry | 本科 | 2.5 |
| 教育科学 | Education Science | 本科 | 2.5 |
| 浪漫语研究 | Romance Studies | 本科 | 2.5 |
| 德语语言与文学 | German Language and Literature | 本科 | 2 |
| 牙医 | Dentistry | 本科 | 1.8 |
| 药学 | Pharmacy | 本科 | 1.6 |
| 计算机科学 | Computer science | 本科 | 1.2 |
| 历史 | History | 本科 | 1 |
| 英美研究 | English/North American Studies | 本科 | 0.5 |
| 政治学 | Political Science | 本科 | - |
